仙桃学术分析方法原文

分析平台：仙桃学术（https://www.xiantaozi.com/）。以下为 ssGSEA 和 CIBERSORT 的平台方法原文。

一、ssGSEA及免疫浸润相关性分析
原始提供时间：2026-08-23 20:16（北京时间）

免疫浸润。软件: R (4.2.1)版本R包: ggplot2[3.4.4]处理过程:· 对数据中主变量和免疫浸润矩阵数据之间进行相关性分析，分析结果用ggplot2包进行棒棒糖图可视化补充说明:· 统计方法: Spearman· 主分子: EIF3B[ENSG00000106263.18]· 免疫浸润算法: 基于R包-GSVA[1.46.0]\(Hänzelmann et al., 2013)中提供的ssGSEA算法, 利用Immunity文章(Bindea, Gabriela, et al., 2013)提供的24种免疫细胞的markers来计算对应云端数据的免疫浸润情况，具体24种免疫细胞可查看对应参考文献· 免疫细胞: aDC[activated DC]; B cells; CD8 T cells; Cytotoxic cells; DC; Eosinophils; iDC[immature DC]; Macrophages; Mast cells; Neutrophils; NK CD56bright cells; NK CD56dim cells; NK cells; pDC[Plasmacytoid DC]; T cells; T helper cells; Tcm[T central memory]; Tem[T effector memory]; TFH[T follicular helper]; Tgd[T gamma delta]; Th1 cells; Th17 cells; Th2 cells; TReg参考文献:Hänzelmann, Sonja, Robert Castelo, and Justin Guinney. GSVA: gene set variation analysis for microarray and RNA-seq data. BMC bioinformatics 14.1 (2013): 1-15.文献链接Bindea, Gabriela, et al. Spatiotemporal dynamics of intratumoral immune cells reveal the immune landscape in human cancer. Immunity 39.4 (2013): 782-795.文献链接数据:· 数据获取: 从TCGA数据库 ( [https://portal.gdc.cancer.gov](https://portal.gdc.cancer.gov) ) 下载并整理TCGA-BRCA(乳腺浸润癌)项目STAR流程的RNAseq数据并提取TPM格式的数据 以及 临床数据· 数据过滤策略: 去除正常· 数据处理方法: log2(value+1)

二、CIBERSORT
原始提供时间：2026-08-23 21:13（北京时间）

方法学软件: R (4.2.1)版本R包: CIBERSORT[v1.03]处理过程:· 免疫浸润算法: 基于CIBERSORT( CIBERSORT.R脚本分析 )核心算法，利用CIBERSORTx网站([https://cibersortx.stanford.edu/)提供的22种免疫细胞的markers来计算上传数据的免疫浸润情况参考文献:Chen](https://cibersortx.stanford.edu/\)提供的22种免疫细胞的markers来计算上传数据的免疫浸润情况参考文献:Chen) B, Khodadoust MS, Liu CL, Newman AM, Alizadeh AA. Profiling Tumor Infiltrating Immune Cells with CIBERSORT. Methods Mol Biol. 2018;1711:243-259. doi: 10.1007/978-1-4939-7493-1\_12. PMID: 29344893; PMCID: PMC5895181.文献链接Newman AM, Liu CL, Green MR, Gentles AJ, Feng W, Xu Y, Hoang CD, Diehn M, Alizadeh AA. Robust enumeration of cell subsets from tissue expression profiles. Nat Methods. 2015 May;12(5):453-7. doi: 10.1038/nmeth.3337. Epub 2015 Mar 30. PMID: 25822800; PMCID: PMC4739640.文献链接
